战争激剧地改变了人们的政治、经济地位，“前则一任自意行止，亦且田猎资生，今则既束行止，又纳所猎，虽畏彼不言，中心岂无怨苦？”而且广大诸申(即女真)一提起沉重的徭役负担，都“颇有怨苦之状”。
这甚至导致在萨尔浒之战努尔哈赤大胜之后，局面仍是“奴中大小莫不仰望和事之成，惟以无事不战为自中大幸”。这才是女真群众及中下级首领对待战争的根本态度。
什么意思？简而言之，就是大明凭借它政治、经济、军事上的力量，在女真各部的上层分子中，影响和扶持了一批特殊势力集团，这些集团经济上政治上的特殊利益，决定了他们与明廷保持着千丝万缕的联系。
加之各部政治经济发展的不平衡，使得任何破坏现状的尝试都势必遭到传统势力的反抗和抵制。努尔哈赤既然在这种历史条件下起兵叛明，也就自然地造就了自己的反对派。于是，舒尔哈齐作为反对派的代表人物，便堂而皇之地登上了历史舞台。
高务实发现，舒尔哈齐作为反对派的代表人物，他与努尔哈赤的矛盾冲突，是经历了一个复杂的发展过程的。寻其活动的轨迹，不难发现舒尔哈齐的思想具有两重性，即是进取与保守的统一体。
当他处于被统治的地位时，他的进取思想曾驱使他“自幼随征，无处不到”，成为努尔哈赤“复祖父之仇”的同路人，并为建州女真的统一大业立下了汗马之功，被努尔哈赤誉为“达尔汉巴图鲁”英雄。
但舒尔哈齐的思想不是一成不变的。随着军事征战的胜利，舒尔哈齐的政治地位和军事实力也在不断增长。原历史上的万历十五年年六月，努尔哈赤于费阿拉称王，舒尔哈齐亦同时称船将——所谓“船将”也就是俗称的“掌舵者”。也就是说从这时开始，舒尔哈齐已经成为努尔哈赤政治军事集团的第二号人物。
万历二十三年，舒尔哈齐摩下精兵已发展到五千余名，文臣宿将多达四十余人。此时，舒尔哈齐以“有战功”而闻名于诸部，因“得众心”，身望高居于诸弟子侄之上。
随着地位的改变，进取思想和保守思想，便你抑我扬，此消彼长。万历二十三年和万历二十五年，舒尔哈齐两次进京朝贡，得到明廷的特别优抚，给予了与努尔哈赤同等的政治待遇和礼遇。
这让舒尔哈齐事实上已经登上了大明建州卫女真的第二号首领的政治宝座，且意外地叩开了幸福之门。于是，他青年时期的昂扬斗志和进取精神便逐步退隐，各种因袭势力和传统思想的影响则乘势而入。
舒尔哈齐开始在现有社会秩序的格局中徘徊摸索，这就意味着他与努尔哈赤同路人的关系已宣告结束。在同努尔哈赤以及与自己的进取思想告别以后，舒尔哈齐在传统思想和现实政治外界压力的双重压力下继续后退，成了现实生活的保守者。
为了立于不败之地，舒尔哈齐毫不动摇地称臣明廷。万历三十四年十二月，在努尔哈赤“连续二年不肯进贡”的情况下，舒尔哈齐第三次入京朝贡。而明廷再次确认了他的都督、都指挥的政治身份。
在大明的不断拉拢下，舒尔哈齐的思想也在发生激剧地变化，一种拥明自立的欲望与日俱增，对明廷的忠诚已经达到了“向来中国宣逾，无不听从”的程度。
与此同时，舒尔哈齐还积极发展与乌拉的关系。万历二十四年、二十六年和三十一年，曾先后三次与布占泰联姻，其政治影响已逾越了部落的屏障，实力也大大加强。在建州女真内部，舒尔哈齐也因“得众心”，终于成了与努尔哈赤抗衡的一支主要力量。
由于思想上的分歧，舒尔哈齐与努尔哈赤的政治关系则日益紧张。“在国家大政中”不时发生激烈争吵。
政治上的对立，必然导致军事上的不合作和对立。史载万历二十七年九月，努尔哈赤率兵征哈达。在如此重大战役中，舒尔哈齐先是“按兵不战”，继而又“填拥于前”，致使努尔哈赤陷入被动挨打之境地，“军士多被伤者”，这与其说是消极，倒不如说是对立。
又如万历三十五年三月，努尔哈赤命舒尔哈齐等率兵取乌拉所属蜚悠城，舒尔哈齐偏袒乌拉、消极对抗的态度已十分明显，他先是欲退兵不战，后又滞留不追。
战斗结束后，工于心计的努尔哈赤以“抗命”罪欲诛舒尔哈齐所属二臣，削其力量。舒尔哈齐则立即“摊牌”，以“诛二臣，与我死无异”的强硬态度，迫使努尔哈赤作出让步。至此，其兄弟关系终于走到势同水火的地步。
如今这一世界里，时间还只是万历十六年年初，而且去年因为蝴蝶效应的关系，努尔哈赤先是因为与图们勾结而被大明警告，现在又因入侵董鄂部而遭到讨伐，所以并没有来得及称王，因此他们二人在女真内部依然是“宁古塔大贝勒”、“宁古塔二贝勒”的身份。
然而，这并不妨碍舒尔哈齐思想的转变比原历史上更快。
因何而快？当然是因为大明对他的支持远比原历史上更给力。
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